Per volere del Papa san Pio V (1566-1572), al fine di custodire le cappelle della Porziuncola, del Transito e del Roseto e altri luoghi resi sacri dalla memoria di san Francesco, e accogliere i tanti pellegrini che da ogni luogo si recano a visitarli, tra il 1569 e il 1679 viene edificata la grande Basilica di S. Maria degli Angeli.
Il progetto originario di Galeazzo Alessi (1512-1572) è caratterizzato da una rigorosa semplicità strutturale, conforme all’ideale francescano di povertà. I forti eventi tellurici che scuotono l’Umbria nel 1832 provocano danni gravissimi alla Basilica. Al termine di un lungo e complesso restauro, diretto dall’architetto Luigi Poletti, essa viene riaperta al culto l’8 settembre del 1840.
La facciata viene rielaborata radicalmente su un progetto di Cesare Bazzani, con l’intento di conferirle una monumentalità degna dell’importanza del Santuario. Questa è inaugurata l’8 giugno 1930 e alla sua sommità viene collocata un’imponente statua della Vergine in bronzo dorato.
All’interno la cappella, originariamente di proprietà dei monaci benedettini, è situata in una zona denominata “Portiuncula” che letteralmente indica la piccola porzione di terreno su cui sorgeva.
La chiesetta, situata nella piana assisana e rimasta per lungo tempo in stato di abbandono, viene restaurata da san Francesco. Egli qui comprende chiaramente la sua vocazione e qui fonda l’Ordine dei Frati Minori nel 1209, affidandolo alla protezione della Vergine Madre di Cristo, cui la chiesina è dedicata. Dai Benedettini Francesco ottenne in dono il luogo e la cappella per farne il centro della sua nuova Istituzione. Nel 1216, in una visione, Francesco ottiene da Gesù stesso l’Indulgenza conosciuta come “Indulgenza della Porziuncola” o “Perdono di Assisi”, approvata dal Papa Onorio III.