La tomba di santa Chiara fu pensata e voluta fuori la porta urbica, nella chiesa di San Giorgio, dove fu già sepolto provvisoriamente Francesco e dove fu tumulata la Santa il 12 agosto 1253.
Mentre per la chiesa-mausoleo, da innalzare in onore di san Francesco, si determinò il luogo solo dopo due anni dalla morte, per quella da dedicare a santa Chiara ci si orientò subito verso la parte opposta della città, accanto appunto alla chiesa di San Giorgio
A tre anni dalla morte e a un anno dalla canonizzazione di S. Chiara si iniziò nel 1257 con la costruzione della chiesa e del convento attiguo delle Clarisse, che dal 1212 avevano vissuto a S. Damiano.
L’edificio è caratterizzato dall’esecuzione di tutto il corpo con fasce rosa e bianche di pietra del Subasio e dai maestosi archi rampanti di sostegno ai due lati della chiesa.
L‘interno è strutturato come la chiesa superiore di S. Francesco con una navata unica che termina in un transetto con abside poligonale. Anche qui una galleria percorre il perimetro, però, contrariamente a S. Francesco, all’altezza dei capitelli dei pilastri.
L‘altare maggiore è racchiuso da un colonnato di 12 colonnine poligonali, opera di uno scalpellino umbro del XV secolo, con una cancellata in ferro battuto del XVIII secolo. Sopra l’altare maggiore campeggia la grandiosa croce sagomata (1255-1260), attribuita al cosiddetto “Maestro di Santa Chiara“, recentemente identificato con il pittore Benvenuto Benveni da Foligno.
Nella cripta, costruita nel 1850-72, ristrutturata nel 1935 in forme neogotiche, si conserva il sarcofago con il corpo di S. Chiara, ritrovato nel 1850.