La chiesa di San Pietro in Assisi venne fondata assieme al monastero nel X secolo, in un terreno allora fuori le mura, dai benedettini del monte Subasio, in un periodo di espansione “strategica” dell’Ordine. Agli inizi del 1200 fu ricostruita e assunse le attuali forme romanico-gotiche, particolarmente armoniche.
La facciata rettangolare, costruita con la caratteristica pietra rosa del Monte Subasio, è scandita da tre portali, altrettanti rosoni e due fasce tra loro divise da un cornicione ad archetti pensili. Il portale centrale è affiancato da due leoni. Originariamente, la facciata terminava con un timpano, demolito in seguito ai danni provocati da un terremoto nel XIX secolo.
Venne consacrata da Papa Innocenzo IV nel 1253. L’interno, restaurato nel 1954, si presenta a tre navate separate da pilastri, con il presbiterio rialzato, abside semicircolare e cupola; in controfacciata e ai lati del presbiterio, si conservano monumenti funebri di nobili assisiati del XIII e XIV secolo, alle pareti e nelle cappelle dipinti dello stesso periodo. Interessante è la cappella del Santissimo Sacramento, in stile gotico, con un prezioso trittico di Matteo da Gualdo.
Ma la sua caratteristica principale, benché questo possa sembrare un fatto non rilevante, è quella di non appartenere all’Ordine Francescano, l’appartenenza all’ordine benedettino costituisce per questo edificio il segno di maggiore identità nel panorama degli altri luoghi di culto di Assisi, in quanto, per un editto della fine del 1200, ad Assisi non fu più permesso costruire o lasciare terreni a ordini religiosi diversi da quello Francescano.