La chiesa è detta «Santa Maria sopra Minerva» perché utilizza l’antico Tempio romano dedicato alla dea Minerva, regina della sapienza e della pace nell’età pagana. Le sei splendide colonne corinzie e l’intera facciata sono ancora intatte dopo più di 2000 anni.
In epoca imprecisata, ma probabilmente nella seconda metà del 500 d.C., i monaci Benedettini restaurano il Tempio e lo utilizzano, dividendo la cella in due piani per ricavarne stanze di abitazione nella parte superiore e la chiesa di San Donato nella parte inferiore.
Con atto del 24 maggio 1212 i Benedettini concedono in affitto per cento anni iterabili tutti gli ambienti del Tempio al neo Comune di Assisi (sorto nel 1198 e avviato soprattutto dopo la pace con Perugia del 1210), ma si riservano come abitazione le stanze sistemate nella parte superiore del pronao.
Nel 1539 il papa Paolo III, facendo visita ad Assisi, ordina che il Tempio di Minerva venga restaurato al completo e dedicato alla Madonna, regina della vera sapienza. Il Tempio prende il nome di «Santa Maria sopra Minerva».
Con verbale del 5 aprile 1613 il vescovo di Assisi Marcello Crescenzi, avuto anche il consenso del Comune cittadino, dona il Tempio ai Frati del Terzo Ordine Regolare di S. Francesco per garantire meglio il servizio liturgico.
In data 8 maggio 1758 i Terziari Regolari, avendo costruito il nuovo Convento di Sant’Antonio di Padova con l’annessa chiesa, lasciano il Tempio alla Congregazione dell’Oratorio di S. Filippo Neri.
Con rogito del 14 aprile 1918 la Chiesa di S. Maria sopra Minerva, dopo una pausa di centosessant’anni, viene affidata di nuovo ai Frati del Terzo Ordine Regolare di S. Francesco, che la officiano tuttora con fede e amore. Il grande altare centrale simbolizza Cristo, intorno al quale viene convocata la comunità cristiana.